电视剧《秘密列车》讲述的是上世纪50年代，由于国内外形势的发展变化，中国自主的核工业计划正在如火如荼地进行当中。在这样的背景下，一列来往于首都北京与西北核基地之间的神秘火车承担起了运送核专家前往核基地的一系列秘密任务。北京市公安特勤所所长龙飞进入到护送核专家行动组并担当了第一次运送任务的负责人，漂亮的女乘务员辛红羽对龙飞一见倾心，然而列车上的四位核专家对国家核武器研发的整体计划极为关键，龙飞责任重大，不敢有丝毫懈怠。龙飞在列车上发现并抓捕了破坏运送核专家任务的犯罪嫌疑人，在突审的当口列车突遇前方铁轨上的包裹，龙飞带人急忙赶去，不料列车突然爆炸，四位核专家当场殒命……

　　电视剧《秘密列车》第1集 剧情介绍

　　龙飞假扮列车员秘密保护着送往西北的核研究专家。途中得知有人假扮列车员混上了秘密列车。通过对列车的逐一排查，龙飞发现了假李兵，将其抓获！就在特务快要招供时，列车突然紧急停车，铁轨上发现不明包裹，正待龙飞等人检查停车原因时，意外再一次的发生了，秘密车厢爆炸，当龙飞跑回车厢时发现了玻璃门上带血的梅花，此时龙飞才知道所有的一切与之前破获的特务梅花党有关。

　　电视剧《秘密列车》第2集 剧情介绍

　　通过甘谷公安重要线索的提供，龙飞对不明包裹的投掷者甘小二进行了耐心的审讯。审讯证实，他与火车爆炸和碎尸案毫无关系。通过专案组对碎尸的分析和法医对尸体的拼接，证实了尸体的埋尸地点，龙飞等人再次前往甘谷。

　　电视剧《秘密列车》第3集 剧情介绍

　　龙飞经过仔细勘察地形后，确定了三个埋尸地点。最终选择了河边，树林，公交车站三个地方进行了地毯式的搜查，最终在公交车站发现了残存的第一死者尸体。通过对死者面容的辨认证实了死者的身份。死者丈夫得知死讯后的漠不关心和冷酷的态度，使龙飞等人产生了怀疑，通过对死者家的搜查，断定为第一杀人现场。

　　电视剧《秘密列车》第4集 剧情介绍

　　曲浩然得知妻子为自己挪用公款伤心欲绝，但是又不能排除杀人嫌疑。于是龙飞再一次来到凶案现场，踏着凶手的足迹，希望能找到线索。就在此时得到消息，发现第二死者，根据邮寄地址，龙飞肖克踏上了去往运城的火车。

　　电视剧《秘密列车》第5集 剧情介绍

　　龙飞肖克在对贺小影单位的勘察中，确定了第一凶案现场为贺小影的宿舍。通过对临时工小谢的排查，得到了凶手的遗留下来的痕迹，断定凶手为业务员。通过这些蛛丝马迹案情有了新的进展，龙飞肖克立刻前往武威，在失踪者的一一排查中，找到了第三死者包喜妹的家，凶手改变了一贯的做法，在种种迹象表明下，龙飞等人在邮局部署了一切，等待凶手的出现，最终凶手逃脱了。

　　电视剧《秘密列车》第6集 剧情介绍

　　龙飞通过寻找到三个死者的共同性，再一次回到了甘谷向曲浩然了解情况，从曲浩然口中得到了，近乎准确的凶手特征，通过所有的信息特征最终锁定为第二医疗机械场的尹大龙。尹大龙的故意消失和在邮局给龙飞留下包裹，这意味着凶手向龙飞下了战书。